Kombinativna varijabilnost glavni je razlog intraspecifične raznolikosti svih živih organizama. Ali ova vrsta genetske modifikacije samo dovodi do stvaranja nove kombinacije već prisutnih osobina. A kombinirana varijabilnost i njezini mehanizmi nikada ne uzrokuju pojavu bilo kakve bitno različite kombinacije gena. Pojava potpuno novih svojstava zbog različitih genskih varijacija moguća je samo u slučaju intraspecifičnih mutacijskih promjena.
Kombinativna varijabilnost određena je prirodom reproduktivnog procesa. Ovu vrstu modifikacije gena karakterizira pojava novih genotipova temeljenih na novonastalim kombinacijama gena. Kombinativna varijabilnost očituje se već u fazi formiranja gameta (spolnih stanica). Štoviše, u svakoj takvoj stanici predstavljen je samo jedan kromosom iz svakog homolognog para. Karakteristično je dakromosomi ulaze u zametnu stanicu nasumično, zbog čega gamete u jednom organizmu mogu dosta varirati u smislu skupa gena. Istodobno, u izravnom nositelju nasljedne informacije nisu uočene kemijske transformacije.
Dakle, kombinativna varijabilnost je posljedica raznih rekombinacija već postojećih gena u kromosomskom skupu. Ova vrsta modifikacije gena također nije povezana s promjenama genskih i kromosomskih struktura. Izvori kombinirane varijabilnosti mogu biti samo procesi koji se odvijaju tijekom redukcijske diobe stanica (mejoze) i oplodnje.
Elementarna (najmanja) jedinica raznih rekombinacija nasljednog materijala, koja uzrokuje stvaranje novih kombinacija gena, naziva se recon. Svaki takav recon odgovara dva nukleotida (građevinski blokovi nukleinskih kiselina) u dvolančanim molekulama DNA i jednom nukleotidu kada je u pitanju jednolančana struktura nukleinske kiseline virusa. Recon se ne dijeli tijekom križanja (proces razmjene između uparenih homolognih kromosoma tijekom konjugacije) i u svim slučajevima se prenosi u cijelosti.
Kombinativne varijacije u eukariotskim stanicama proizvode se na tri načina:
- Rekombinacija gena u procesu križanja, što rezultira stvaranjem kromosoma s novim kombinacijama alela.
- Nezavisna nasumična divergencijakromosoma tijekom anafaze prve faze mejotičke diobe, kao rezultat toga sve gamete dobivaju vlastite genetske karakteristike.
- Slučajni susreti zametnih stanica tijekom oplodnje.
Tako, kroz ova tri mehanizma kombinirane varijabilnosti, svaka zigotna stanica nastala fuzijom gameta stječe potpuno jedinstven skup genetskih informacija. Upravo te nasljedne modifikacije objašnjavaju ogromnu intraspecifičnu raznolikost. Genetska rekombinacija iznimno je važna za evoluciju bilo koje biološke vrste, budući da stvara neprocjenjivu raznolikost genotipova. To je ono što svaku populaciju čini heterogenom. Pojava organizama obdarenih vlastitim individualnim osobinama predodređuje visoku učinkovitost prirodne selekcije, dajući joj priliku da ostavi samo najuspješniju kombinaciju nasljednih osobina. Kroz uključivanje novih organizama u reproduktivni proces, genetski sastav se kontinuirano poboljšava.