U vrijeme "bez državnosti" nakon smrti Ivana Groznog, s bolesnim i slabim Fjodorom, bojari su započeli otvorenu borbu za vlast. Najjači od njih bio je bivši opričnik Godunov. Nakon Teodorove smrti, patrijarh Job je okupio Zemski sabor za izbor novog vladara. U ovoj katedrali okupili su se Patrijarhovo vijeće, Boyar Duma i službenici i predstavnici trgovačkog i industrijskog stanovništva Moskve. Najvjerojatniji kandidati bile su dvije osobe: carev šogor Boris Fjodorovič Godunov i rođak cara Fjodora, najstariji sin Nikite Romanoviča - Fjodor Nikitič Romanov.
Godine vladavine Borisa Godunova nastupile su u teškom trenutku u povijesti ruske države. To je bilo razdoblje od 1598. do 1605. godine. Zapravo, budući car je već bio na vlasti pod bolesnim sinom Ivana Groznog, Fjodorom.
Vladavina Borisa Godunova započela je dvosmisleno. U veljači 1598. Vijeće je ponudilo prijestolje Borisu, ali je on to odbio. Kako bi on pristao, organizirana je redovnička procesija do Djevojačkog samostana, gdje je Boris boravio sa svojom sestrom. Budući kralj bio je prisiljen pristati da se popne na prijestolje. Stoga je izbor Godunova bio popularan. Međutim, u isto vrijemevjerovalo se da je potajno pribjegavao prijetnjama i podmićivanju kako bi to postigao.
Boris je oženjen kraljevstvom tek 1. rujna, uvjeren u snagu narodnog izbora. Vladavina Borisa Godunova cijelom se svojom dužinom odlikovala krajnjim oprezom. Bojao se pokušaja njegove moći, eliminirao je sve bojare koji su mu bili sumnjivi. Njegov pravi suparnik bio je samo Fedor Nikitich Romanov, zbog čega su svi Romanovi bili suđeni pod optužbom za zavjeru protiv suverena. Bojari nisu voljeli cara, smatrajući ga nasljednikom Groznog s njegovim progonom plemstva.
Vladavina Borisa Godunova bila je nastavak Fjodorove politike, odnosno onoga što je Godunov činio pod njim. Svakako je nastojao vratiti narodnu dobrobit, narušenu u doba Groznog. U vanjskoj politici nastojao je izbjeći sukobe, suzdržati se od novih ratova. Stalo mu je do jačanja pravde, želio je biti dobar suveren za narod. Zaista je dao mnoge koristi običnom puku. Tri godine zaredom, od 1601., došlo je do neuspjeha uroda, što je dovelo do masovne smrti od gladi. Boris je organizirao besplatnu podjelu kruha gladnima iz kraljevske riznice, pokrenuo velike zgrade u glavnom gradu kako bi ljudima davao prihod.
Vladavinu Borisa Godunova pratila je glad, pljačka, ali to nije bila njegova krivnja. Međutim, to je pridonijelo rastu nezadovoljstva kraljem. Nakon gladi uslijedila je druga nesreća - narodni ustanak za samoproglašenog careviča Dmitrija. Tijekom ove borbe BorisGodunov je neočekivano umro (1605.).
Godunov je pridavao veliku važnost europskom obrazovanju. Kralj je komunicirao sa stranim stručnjacima iz područja tehnologije i medicine, rado ih je odveo u javnu službu. Slao je mlade ljude u strane zemlje, planirao je urediti moskovske škole na strani način. Formirao je vojni odred Nijemaca po stranom uzoru. Pod Godunovom, moskovska je vlada bila jasno privučena bližim kontaktima s prosvijećenim Zapadom i asimilacijom europskog znanja.
Tako vladavinu Borisa Godunova ukratko opisuje većina povjesničara. Mnogi sumnjaju kako je legalno dobio vlast, vjerujući da je njegov rad bio ubojstvo najmlađeg sina Groznog, careviča Dmitrija, u Uglichu.
