Tijekom prvih nekoliko godina svog postojanja, država je nastojala biti priznata kao jedini nasljednik Jugoslavije, ali su se druge bivše sovjetske republike usprotivile tim tvrdnjama. Ujedinjeni narodi odbili su zahtjev za uključivanje Jugoslavije. Na kraju, nakon svrgavanja Slobodana Miloševića s mjesta predsjednika federacije 2000. godine, zemlja je odustala od tih težnji i prihvatila mišljenje Badinterovog arbitražnog odbora o zajedničkom nasljeđivanju. Ponovno je podnio zahtjev za članstvo u UN-u 27. listopada i primljen je 1. studenog 2000.
Ručno
SRJ je u početku vladao Slobodan Milošević kao predsjednik Srbije (1989-1997), a zatim predsjednik Jugoslavije (1997-2000). Milošević je instalirao i prisilio smjenu nekoliko saveznih predsjednika (kao što je Dobrica Ćosić) i premijera (kao što je Milan Panić). Međutim, crnogorska vlada, koja je u početku gorljivo podržavala Miloševića, počela je postupnodistancirati od njegove politike. To je dovelo do promjene režima 1996. godine kada je njegov bivši saveznik Milo Đukanović promijenio politiku, postao čelnik crnogorske vladajuće stranke, a potom smijenio bivšeg crnogorskog čelnika Momira Bulatovića, koji je ostao vjeran Miloševićevoj vladi. Budući da je od tog vremena Bulatović postavljen na središnja mjesta u Beogradu (kao savezni premijer), Đukanović je nastavio upravljati Crnom Gorom i dodatno je izolirao od Srbije. Tako je od 1996. do 2006. god Crna Gora i Srbija su bile nominalno jedna država. Upravljanje u svim mogućim političkim, ekonomskim i društvenim segmentima odvijalo se na lokalnom nivou, u Beogradu za Srbiju i Podgorici za Crnu Goru.
Unija Srbije i Crne Gore
Kao labava unija, ili konfederacija, Srbija i Crna Gora bile su ujedinjene samo u određenim područjima, kao što je obrana. Dvije države sastavnice djelovale su odvojeno tijekom cijelog razdoblja postojanja Savezne Republike i nastavile djelovati u okviru posebne ekonomske politike, kao i korištenjem zasebnih valuta (euro je bio jedino zakonito sredstvo plaćanja u Crnoj Gori). Dana 21. svibnja 2006. održan je referendum o neovisnosti Crne Gore, a za nezavisnost je glasalo 55,5% birača. Posljednji ostaci bivše Jugoslavije, 88 godina nakon njenog stvaranja, okončani su službenim proglašenjem nezavisnosti Crne Gore 3. lipnja 2006. i službenim proglašenjem nezavisnosti Srbije 5Lipanj. Nakon raspada, Srbija je postala pravni sljednik unije, a nova nezavisna Crna Gora ponovo je podnijela zahtjev za članstvo u međunarodnim organizacijama.
Posljedice katastrofe
Nakon raspada Jugoslavije 1990-ih, samo su republike Srbija i Crna Gora pristale da zadrže jugoslavensku državu, a 1992. godine donijele su novi ustav za novu Jugoslaviju. Nakon sloma komunizma u istočnoj Europi, nova država slijedi val demokratskih promjena. Napustio je komunističke simbole: crvena zvijezda je skinuta s državne zastave, a komunistički grb zamijenjen bijelim dvoglavim orlom s grbovima Srbije i Crne Gore unutra. Nova država je također stvorila jednočlanu funkciju predsjednika, prvobitno imenovanu uz suglasnost republika Srbije i Crne Gore do 1997. godine, nakon čega je predsjednik demokratski biran.
Stvaranje Savezne Republike Jugoslavije
S raspadom Jugoslavije i njezinih institucija između 1991. i 1992. godine, postavilo se pitanje jedinstva dviju republika koje su ostale u raspadnutoj federaciji: Srbije i Crne Gore; kao i područja sa srpskom većinom u Hrvatskoj i Bosni koja su željela ostati ujedinjena. Godine 1991., kao rezultat diplomatskih pregovora lorda Carringtona sa šest čelnika, sve su se republike, osim Srbije, složile da se Jugoslavija raspadne i da svaki njezin autonomni dio postane samostalna država. Srpska vlada bila je iznenađena i ogorčena odlukom Crne Gore u korist okončanjaJugoslaviju, budući da je Bulatovićeva vlada prethodno bila usko povezana s Miloševićevom vladom u Srbiji. Raspad Jugoslavije započeo je 1991. godine kada su Slovenija, Hrvatska i Makedonija proglasile neovisnost. Tada je nastala Savezna Republika Jugoslavija.
Treća Jugoslavija
26. prosinca 1991. Srbija, Crna Gora i srpski pobunjeni prostori u Hrvatskoj dogovorili su se da će formirati novu "treću Jugoslaviju". I 1991. godine nastojalo se uključiti eserovu Bosnu i Hercegovinu u federaciju, gdje su u toku pregovori između Miloševića, Srpske demokratske stranke BiH i pristaše bošnjačkog ujedinjenja, potpredsjednika BiH Adila Zulfikarpašića. Zulfikarpašić je smatrao da Bosna može imati koristi od ujedinjenja sa Srbijom i Crnom Gorom, pa je podržavao savez koji će osigurati jedinstvo Srba i Bošnjaka. Zastava Savezne Republike Jugoslavije nije se ni po čemu razlikovala od svoje prethodnice.
Milošević je nastavio pregovore sa Zulfikarpašićem o uključivanju Bosne u novu Jugoslaviju. Međutim, napori da se cijela Bosna inkorporira u novu Jugoslaviju zapravo su nestali do kraja 1991., kada je Izetbegović planirao održati referendum o neovisnosti dok su bosanski Srbi i bosanski Hrvati formirali autonomne teritorije.
Svađa među bratskim narodima
Od 1996. prvi javni znakovi političkog razdora izmeđudijelovi crnogorskog i srpskog vodstva. Do 1998. godine, kada je crnogorski premijer Milo Đukanović došao do izražaja u borbi za vlast s crnogorskim predsjednikom Momirom Bulatovićem, republika je vodila drugačiju ekonomsku politiku, usvajajući njemačku marku kao svoju valutu. U jesen 1999., nakon rata na Kosovu i NATO bombardiranja, Đukanović (koji je do sada čvrsto držao vlast u Crnoj Gori kao Bulatović bio je potpuno svrgnut) pripremio je nacrt dokumenta pod naslovom Platforma za redefiniciju odnosa Crne Gore Srbije. Republika Jugoslavija ), pozivajući na velike promjene u podjeli administrativnih nadležnosti unutar SR Jugoslavije, iako još uvijek službeno vidi Crnu Goru kao zajedničku državu sa Srbijom. Milošević nije odgovorio na Platformu, smatrajući je neustavnom.
rastući napon
Politički odnosi u saveznoj državi postajali su sve napetiji, posebno u pozadini vala atentata na vrhunske političke, kriminalne i državne poslovne osobe u obje republike (Željko "Arkan" Rožnatović, Pavle Bulatović, Čika Petrović i Goran Žugić), a također i dva atentata na oporbenog političara Vuka Draškovića. Do listopada 2000. Milošević je izgubio vlast u Srbiji. Suprotno očekivanjima, Đukanovićanova reakcija na smjenu vlasti u Beogradu nije bila daljnje guranje dnevnog reda zacrtanog u njegovoj "Platformi", već da odjednom počne zagovarati punu neovisnost, čimepotpuno ga odbaciti u tom procesu. Sljedeće vlade Crne Gore vodile su politiku za neovisnost, a političke tenzije sa Srbijom su tinjale unatoč političkim promjenama u Beogradu. Sve te strasti bile su prirodni rezultat povijesti stvaranja Savezne Republike Jugoslavije.
Uspostava konfederacije
Srbija i Crna Gora su 2002. godine sklopile novi sporazum o nastavku suradnje, koji je, između ostalih promjena, obećavao i kraj Jugoslavije. Obje zemlje su ranije bile u sastavu Savezne Republike Jugoslavije. Savezna skupština Jugoslavije je 4. veljače 2003. godine stvorila slobodnu državnu zajednicu, odnosno konfederaciju, Državnu zajednicu Srbija i Crna Gora. Postignut je sporazum o novoj ustavnoj povelji koja će pružiti osnovu za upravljanje državom.
Nezavisnost Crne Gore
U nedjelju, 21. svibnja 2006., Crnogorci su glasali na referendumu o neovisnosti. 55,5% podržalo je neovisnost. Toliki broj glasova "za" bio je neophodan za raspad Jugoslavije. Odaziv je bio 86,3% i 99,73% od više od 477.000 danih glasova bilo je valjano.
Naknadno proglašenje nezavisnosti od strane Crne Gore (u lipnju 2006.) i Srbije (5. lipnja) okončalo je konfederaciju Jugoslavije, a time i posljednje preostale ostatke Savezne Republike.
Privredni razvoj Savezne Republike Jugoslavije
Država je znatno ekonomski stradala zbog kolapsa i neučinkovitog upravljanja gospodarstvom, itakođer produljeno razdoblje ekonomskih sankcija. Početkom 1990-ih SRJ je patila od hiperinflacije jugoslavenskog dinara. Do sredine 1990-ih, SRJ je prevladala inflaciju. Daljnja šteta jugoslavenskoj infrastrukturi i industriji uzrokovana ratom na Kosovu ostavila je gospodarstvo samo upola manje nego 1990. godine. Nakon svrgavanja bivšeg predsjednika Savezne Jugoslavije Slobodana Miloševića u listopadu 2000., koalicijska vlada Demokratske opozicije Srbije (DOS) je provela stabilizacijske mjere i krenula u agresivnu agendu tržišnih reformi. Nakon ponovnog članstva u Međunarodnom monetarnom fondu u prosincu 2000., Jugoslavija se nastavila reintegrirati s ostatkom svijeta pridruživši se Svjetskoj banci i Europskoj banci za obnovu i razvoj.
Manja Republika Crna Gora odvojila je svoju ekonomiju od federalne kontrole i od Srbije tijekom Miloševićeve ere. Nakon toga, dvije republike imale su zasebne središnje banke, dok je Crna Gora počela koristiti različite valute: prvo je usvojila marku Deutsch i nastavila ga koristiti sve dok nije propala i zamijenjena eurom. Srbija je nastavila koristiti jugoslavenski dinar, preimenovala ga u srpski dinar.
Složenost političkih odnosa u SRJ, spor napredak u privatizaciji i stagnacija u europskoj ekonomiji naštetili su ekonomiji. Dogovori s MMF-om, posebno zahtjevi za financijskom disciplinom, bili su važni elementi u kreiranju politike. Ozbiljna nezaposlenost je bilaključno političko i gospodarsko pitanje. Korupcija je također veliki problem s velikim crnim tržištem i visokim stupnjem umiješanosti kriminala u formalnu ekonomiju.
